日本からフィリピンまでは直行便は運行していますか?

はい。マニラ、セブ等の主要都市は日本から直行便がございます。
フィリピン航空やセブパシフィック航空が成田空港や羽田空港で発着しています。フィリピンは欧米諸国と比べ距離が近いこともあり
4時間程度で到着することができます。料金も比較的安めです。
直行便ではなくなってしまいますが、費用を重視される方は格安航空会社をご利用されるとよいでしょう。